Il était une fois un petit virus nommé Coco. Cette histoire est celle d’une pandémie mondiale en cours, en juin 2020 dont on ne connaît pas encore la durée ni toutes les conséquences. Le petit nom du virus m’a été inspiré par Lisa, ma nièce, qui a créé un livre d’enfant sur Coco le virus, avec son enseignante à Paris dans le 5ᵉ arrondissement durant le confinement.
L’épidémie Covid-19
Coronavirus
Les coronavirus sont des virus à ARN enveloppés qui provoquent des maladies respiratoires de gravité variable, du rhume à la pneumonie fatale.
Un nouveau virus SARS-CoV-2 est apparu dans un marché aux animaux sauvages de Wuhan en Chine. La transmission à l’homme a probablement été faite par un animal sauvage – la chauve-souris puis le pangolin.
À ce jour, le patient 0 n’a pas été déterminé en Chine.
Très contagieux, le virus s’est répandu, très vite chez l’homme. Une personne asymptomatique pouvait en contaminer trois.
La Chine a alerté l’OMS, fin décembre 2019, que des cas de pneumonie étaient apparus à Wuhan.
Les échanges internationaux étant très nombreux durant le 3ᵉ trimestre 2019 et au début du 1ᵉʳ trimestre 2020, l’épidémie chinoise est devenue une pandémie mondiale !
En France, dès janvier 2020, les autorités de santé ont pris la mesure de ce qui risquait de se passer sans avoir de certitudes sur la gravité de l’épidémie. Serait-ce une simple grippette ? Et puis, les élections municipales devaient avoir lieu le dimanche 15 mars 2020. Le gouvernement et les partis politiques ont tergiversé. Ils ont finalement autorisé les élections pour ne pas être accusés de totalitarisme. Les écoles ont fermé le 13 mars 2020. Le confinement a été décrété le 17 mars 2020 à midi. Une autorisation administrative de sortie devait être produite chaque jour pour prendre l’air durant une heure, aller faire quelques courses, s’occuper d’une personne fragile ou aller travailler, mais nombre de personnes ne sont pas sorties du tout et sont restées cloîtrées pendant de longues journées. Seuls les soignants, au début, puis les caissiers, les éboueurs et quelques personnes « utiles » ont travaillé. Les rues sont devenues silencieuses, la nature a repris le dessus.
On a vu des animaux sauvages en ville, la pollution a diminué…
Le virus SARS-COV-2 est de type coronavirus ; il affecte les voies respiratoires mais pas seulement.
Des jeux mondiaux militaires ont eu lieu à Wuhan en octobre 2019 auxquels participaient plus de 10 000 athlètes. La Chine a ouvertement accusé les États-Unis d’avoir importé le virus durant ces jeux.
Et les États-Unis ont accusé la Chine… Un laboratoire P4 existe à Wuhan. Il a été conçu par la France qui s’est finalement retirée, car les conditions de sécurité n’étaient pas réunies.
La dissémination dans tous les pays a donc été « parfaite » : pas d’information, donc pas de précautions, une circulation intense des populations à travers le monde…
L’origine de l’épidémie sera déterminée avec précision à la fin de la pandémie lorsque toutes les données pourront être analysées (si elle se termine…).
Chronologie de l’OMS
L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a établi la chronologie suivante de son action.
https://www.who.int/fr/news-room/detail/27-04-2020-who-timeline—covid-19
Les retours d’expériences sur les virus SRAS et MERS précédents n’ont pas vraiment aidé à se faire une idée de la dangerosité de ce nouveau virus car ils n’avaient pas les mêmes caractéristiques.
Déconfinement
Le déconfinement est intervenu pour les particuliers le 11 mai 2020.
Il a été accompagné de recommandations sur l’utilisation du gel hydro-alcoolique, de masques, de gestes barrières, de distances de sécurité.
De nombreuses plaintes et polémiques contre les pouvoirs politiques ont été déposées (84 au 16/06/2020).
Les nombres de cas régressent. Seulement 9 nouveaux cas le 14/06/2020, mais encore plus de 10 000 personnes hospitalisées et 869 en réanimation !
Le déconfinement s’est également amorcé dans la plupart des pays d’Europe où il avait été mis en place.
Médicaments
Hydroxychloroquine
« Au XVIIᵉ siècle, l’écorce amère de l’arbre à quinquina est déjà connue pour ses vertus fébrifuges, mais il faut attendre 1820 pour que Pelletier et Caventou, pharmaciens français, en isolent un alcaloïde fondamental : la quinine. Les deux premiers antipaludéens de synthèse, la chloroquine (Nivaquine) et l’hydroxychloroquine (Plaquenil), sont élaborés dans l’entre-deux-guerres par des chimistes allemands. Les années 1960 voient apparaître la résistance du paludisme aux antipaludéens de synthèse et la découverte de leurs propriétés anti-inflammatoires, vite appliquées au lupus et à la polyarthrite rhumatoïde. »
De nombreux essais cliniques permettent d’évaluer diverses molécules connues dans ce nouveau contexte Covid-19.
Mercredi 3 juin, l’OMS a annoncé la reprise de son essai Solidarity, l’analyse des données par un comité de surveillance et de suivi indépendant n’ayant pas mis en évidence de toxicité liée à l’usage de l’hydroxychloroquine. L’essai britannique Recovery ne s’était pas interrompu. Les essais cliniques français devraient eux aussi reprendre. Olivier Véran a demandé au Lancet d’accéder aux données, a dit la porte-parole du gouvernement, Sibeth Ndiaye. Une requête qui risque de rester lettre morte…
Le 17 juin 2020, l’OMS a annoncé qu’il était mis en terme à l’étude de l’hydroxychloroquine dans le cadre de l’essai « Solidarity » visant à trouver un traitement efficace contre la COVID-19.
« Les données issues de l’essai « Solidarity » (y compris les données issues de l’essai « Discovery » mené en France) comme les résultats annoncés récemment par l’équipe de l’essai britannique « Recovery » ont montré que l’hydroxychloroquine n’entraîne pas à une réduction de la mortalité des patients atteints de la COVID-19 hospitalisés, par comparaison aux soins standards. »
Recherche de vaccin
L’immunité de la population mondiale ne sera atteinte que lorsque 2/3 de la population sera positive. Il serait inacceptable de laisser mourir les individus naturellement contaminés. Nous avons besoin d’un vaccin.
Il reste de l’espoir, un vaccin sera peut-être trouvé ! Mais quand ?
https://presse.inserm.fr/covid-19-la-recherche-vaccinale-a-linserm/39831/
L’institut Pasteur mobilise les chercheurs pour trouver un candidat vaccin.
StopCovid
Les chercheurs de l’Inria ont participé à la spécification du protocole ROBERT.
L’application doit permettre de tracer les contacts de plus de 15 minutes à moins d’un mètre (par exemple dans le métro).
Protocole Robert
https://www.inria.fr/sites/default/files/2020-04/Pr%C3%A9sentation%20du%20protocole%20Robert.pdf
Est-ce le protocole ROBERT qui est en application ? Rien n’est moins certain. Des plaintes sur la non-transparence du protocole appliqué ont été déposées.
On ne développe pas une application facilement. Les acteurs étaient nombreux.
L’application développée ne respecterait pas les spécifications. C’est grave !
« Lancée le 2 juin 2020, l’application StopCovid a dépassé le million d’utilisateurs. Les doutes et les débats à son sujet n’ont pourtant pas faibli : invasive, trop peu respectueuse des données personnelles, à l’utilité opérationnelle limitée, mise en place tardivement… Mais si son développement a pris du retard, c’est aussi parce qu’il a dû prendre en compte des enjeux et des préoccupations en constante évolution, à la fois techniques, éthiques et juridiques. Sur le plan technique, StopCovid est passé du protocole « ROBERT » à « DÉSIRÉ », conservant un modèle centralisé mais tendant vers une possible interopérabilité européenne, s’affranchissant ainsi de Google et Apple au nom de la souveraineté numérique française. Quant à sa fiabilité et à sa sécurité, l’application semble avoir donné des garanties de robustesse et de protection des données suffisantes pour être approuvée par la CNIL. »
PDJ de l’Observatoire FIC
Seconde vague
Le monde médical appréhende une seconde vague. L’application StopCovid, en France, un outil de plus, utile pour tracer rapidement les individus proches durant au moins 15 mn si les Français l’adoptent en masse. La France a choisi une solution centralisée et incompatible avec ce que les autres pays européens ont choisi…
Effondrement économique
Les difficultés économiques commencent à arriver. L’État, après avoir payé presque tout le monde à ne rien faire, a emprunté 500 milliards d’euros. C’est du jamais vu !
Pourquoi les gouvernements ont-ils choisi de soutenir l’humain d’abord, et l’économie ensuite ? Ils n’étaient pas obligés !
Bien sûr, beaucoup de personnes souffrent… tout d’abord ceux qui travaillent au noir, ceux qui ne travaillent plus depuis de nombreuses années, ceux qui n’ont pas de liquidités, ceux qui vivent avec presque rien…
Les commerçants, les hôtels et restaurants sont soutenus mais les entreprises fragiles ne peuvent pas subsister. Encore faut-il avoir de la marchandise à vendre… C’est un casse-tête gigantesque ! Je n’aimerais pas être à la place de ce gouvernement… Ils ont sans doute fait des erreurs, mais qui n’en fait pas ? L’impréparation à un phénomène médical émergeant est tout de même patente.
Comment repartir doucement, différemment, sans augmenter les impôts, en développant une nouvelle stratégie économique, plus durable, sur le long terme, qui prenne en compte l’environnement, qui respecte la nature tout en soutenant l’homme, en répartissant les richesses plus équitablement ? L’humain est la clé !
Cette épidémie a renforcé les liens entre la France et Allemagne et fait avancer, de ce fait, le projet européen fédéraliste.
La crise de l’épidémie Covid-19 accélère-t-elle la transformation numérique ?
Le constat est là. Trois mois après le début du confinement, la majorité des personnes du tertiaire travaillent toujours depuis leur domicile à de rares exceptions près. Ils y ont découvert des avantages : la liberté, une moindre fatigue, une efficacité équivalente dans le travail, des relations familiales accrues, moins de monde dans les transports en communs, moins d’embouteillages, un gain de temps (pour certains 2 à 3 heures par jour). Leurs patrons se sont posé la question du coût des locaux. Et si finalement, cela devenait la norme ? Il manque les liens sociaux, c’est vrai… Mais rien n’empêche d’organiser à coûts moindres des réunions en présentiel, des dîners ou déjeuners d’affaires… Les bureaux de coworking fleurissent aux quatre coins du pays et dans de très belles régions. De nombreux parisiens sont partis se confiner en province, dans des résidences secondaires ou chez des amis ; ils ont apprécié les jardins privés, les vues non urbaines, le silence de la campagne, le chant des oiseaux… Il sera difficile de revenir en arrière.
https://sodigital.fr/covid-19-transformation-numerique/
Triste bilan humain français
En France, comme dans les pays européens le bilan humain est gigantesque.
- https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/articles/infection-au-nouveau-coronavirus-sars-cov-2-covid-19-france-et-monde
- https://sante.journaldesfemmes.fr/maladies/2619933-maladie-covid-19-definition-incubation-personne-a-risque-vulnerable-transmission/
Santé publique France publie chaque semaine un bilan Covid-19.
Comment fonctionnent les modèles qui prédisent la pandémie ?
Des algorithmes d’Intelligence Artificielle ont permis d’alerter avant l’OMS la pandémie Covid-19.
Des incertitudes et des manques de données ne permettent pas d’avoir des modèles prévisionnels très fiables.
Plusieurs modèles permettent de simuler la diffusion de l’épidémie. Ils se fondent sur des éléments dans des ensembles et un individu passe d’un état à l’autre. Exemple du modèle SIR :
- S – Susceptible d’être infecté ;
- I – Infecté ;
- R – Guéri (Recovered) ;
- Ou mort.
Le groupe R est présumé immunisé contre le virus et ne peut plus transmettre l’infection. Les individus ayant une immunité naturelle font aussi partie de cet ensemble. Des simulations sont faites se rapprochant des caractéristiques des habitants des villes.
Au Royaume-Uni, les modèles mathématiques font débat entre deux très grandes institutions :
- l’Imperial College de Londres ;
- l’université de Cambridge.
Imperial College
Neil Fergusson de l’Imperial College, au Royaume-Uni a convaincu le monde entier de confiner les citoyens car les tests n’étaient pas prêts.
https://www.nature.com/articles/d41586-020-01003-6
« Lorsque les données actualisées du modèle de l’équipe de l’Imperial College ont révélé que le système de santé du Royaume-Uni serait rapidement submergé de cas graves de Covid-19, et pourrait faire face à plus de 500 000 décès si le gouvernement ne prenait aucune mesure, le Premier ministre Boris Johnson a presque immédiatement annoncé des restrictions rigoureuses sur les déplacements des personnes. Le même modèle suggérait que, sans action rapide, les États-Unis pourraient subir 2,2 millions de décès. Ces résultats ont été partagés avec la Maison-Blanche et de nouvelles consignes de distanciation sociale ont rapidement suivi. »
« Une version antérieure du modèle de l’Imperial College, par exemple, estimait que le Covid-19 V-2 serait du même ordre de gravité que la grippe en termes d’hospitalisations. Cette estimation s’est évidemment révélée incorrecte. »
« L’Imperial College London (officiellement Imperial College of Science, Technology and Medicine) est une université britannique fondée en 1907, se situant à Londres dans le quartier de South Kensington. Elle est spécialisée dans les sciences, l’ingénierie, la médecine et les études commerciales (avec l’Imperial College Business School). L’université compte 14 prix Nobels, 3 médaillés Fields et 74 Fellows of the Royal Society. Les contributions de l’université à la société comprennent la découverte de la pénicilline, les développements de l’holographie et de la fibre optique »
https://fr.wikipedia.org/wiki/Imperial_College_London
Université de Cambridge
« L’université de Cambridge (en anglais University of Cambridge) est une université anglaise située à Cambridge en Angleterre. Fondée en 1209 et dotée du statut de charte royale par le roi Henri III d’Angleterre en 1231, Cambridge est la deuxième université du monde anglophone par l’ancienneté. L’université est née d’une association de chercheurs qui ont quitté l’université d’Oxford après un conflit avec les habitants de la ville. Les deux anciennes universités partagent de nombreuses caractéristiques communes et sont souvent appelées conjointement Oxbridge.
L’université compte 118 prix Nobel et 11 médaillés Fields qui ont été affiliés à Cambridge en tant qu’étudiants, professeurs, personnel ou anciens élèves.
Cambridge jouit d’un partenariat avec le Massachusetts Institute of Technology (MIT). »
https://fr.wikipedia.org/wiki/Universit%C3%A9_de_Cambridge
Jorge Goncalves a participé à la conception d’un modèle de prédiction de la mortalité interprétable pour les patients Covid-19, en collaboration avec d’autres chercheurs. Cet article montre les marqueurs qui ont été repéré par l’intelligence artificielle.
https://www.nature.com/articles/s42256-020-0180-7#Fig1
La revue « The Lancet »
« Il y a près d’un mois, on assistait au spectaculaire épisode de la publication puis de la rétractation d’une étude dans le « Lancet » sur l’hydroxychloroquine dans laquelle était impliquée la start-up Surgisphere spécialisée dans le Big Data médical. Ces errements renforcent l’idée d’un haut niveau d’exigence méthodologique et éthique. »
« Coup sur coup, deux des plus grandes revues médicales mondiales ont procédé à la rétractation d’articles ayant trait au Covid-19, fondés sur des données fournies par une société américaine, Surgisphere, et à l’origine, désormais, plus que douteuse.
The Lancet a annoncé, jeudi 4 juin 2020, le retrait de l’étude publiée le 22 mai dans ses colonnes, qui suggérait que l’hydroxychloroquine, associée ou non à un antibiotique comme l’azithromycine, augmentait la mortalité et les arythmies cardiaques chez les patients hospitalisés pour Covid-19. Cette étude avait été suivie en France d’une abrogation de la dérogation qui permettait l’utilisation de cette molécule contre le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 et de la suspension d’essais cliniques destinés à tester son efficacité. »
« Le New England Journal of Medicine (NEJM) a fait de même pour un article publié le 1er mai dans ses colonnes, qui déclarait que la prise de traitements antihypertenseurs n’avait pas d’influence sur la gravité du Covid-19. Dans les deux cas, l’auteur principal de l’étude était Mandeep Mehra (Harvard Medical School) et les données provenaient de Surgisphere. »
Attention à l’origine des données, aux biais dans les données, à la validation des données. La fiabilité, la véracité, sont des caractéristiques qualitatives difficiles à appréhender. Les données devraient faire l’objet de processus de collecte, d’agrégation, de consolidation, d’historisation. La supervision des processus permet la vérification et la validation. Il est nécessaire de passer beaucoup de temps pour obtenir de bonnes données. Faire intervenir l’éthique et la méthodologie permet de faire moins d’erreurs.
Mais si les erreurs sont en fait une mascarade, alors on enquête sur les données brutes. Mais si l’auteur est malhonnête, attention… Une suspicion de duplication de zones dans les photos permet d’avoir un doute sur le sérieux de l’étude.
https://www.buzzfeednews.com/article/peteraldhous/image-manipulation-surgisphere-sapan-desai
Covid-19 dans le monde
Cette pandémie en juin 2020 n’est pas terminée ! Attention aux rebonds ! Le 20 juin 2020, 150 000 nouveaux cas ont été détectés dans le monde. C’est le plus grand nombre de cas depuis le début de l’épidémie.
En France, les deux à trois mois de confinement ont permis de stopper net la multiplication du virus. Les gestes barrières ont été efficaces et ont même permis un nombre de mort inférieur au nombre habituel en mai (il y a aussi eu moins d’accidents de la route). L’hygiène y est-il pour quelque-chose ? Au Japon, ils ont très peu de morts.
Pourquoi l’Allemagne s’en est-elle sortie beaucoup mieux que la France ; difficile à dire. Ils ne vivent pas comme nous. Les femmes ne travaillent pas toutes et vont peut-être chercher leurs enfants à l’école en voiture (moins contaminées), elles ne prennent pas les transports en communs (sources habituelles de microbes et virus). Il faudrait trouver des réponses.
Ils avaient un très grand nombre de lits de réanimation, des masques et des tests en plus grand nombre. C’est un pays riche ! L’Allemagne a fait le choix de l’industrialisation, de la qualité. Ils ont gardé cette image. Et de plus, les Allemands sont disciplinés et leur État est une fédération de länder.
A côté, la France paraît être un pays sous-développé ; elle a été aidée par l’Allemagne aux frontières…
Des analyses précises doivent être faites pour essayer de comprendre à quoi sont dues les différences entre les pays européens.
Il faut un vrai retour d’expérience au niveau européen !
L’Italie a beaucoup souffert. Son exemple aurait pu être mieux appréhendé.
En Espagne ce fut un drame également.
Très peu de véhicules ont circulé pendant deux mois (de mi-mars à mi-mai), ce qui a permis de sauver aussi un nombre important de vies. Très peu d’accidents de la route ont eu lieu. Moins de vols ont été recensés. Les assurances devraient faire baisser leurs primes l’an prochain… Il est toujours possible d’espérer !
Voici les derniers chiffres dans le monde.
Tableau de bord : l’épidémie de COVID-19 en chiffres
Les chiffres clés Monde et Europe au 18/06/2020 (source ECDC)
- Cas dans le monde : 8 318 370 cas confirmés depuis le 31/12/19 dont 1 492 177 en Europe
- Décès dans le monde : 448 735 décès depuis le 31/12/19 dont 172 621 en Europe
Les indicateurs quotidiens sont accessibles sur https://geodes.santepubliquefrance.fr/#c=home.
Coronavirus : visualisez l’évolution de l’épidémie en France et dans le monde
https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/05/05/coronavirus-age-mortalite-departements-pays-suivez-l-evolution-de-l-epidemie-en-cartes-et-graphiques_6038751_4355770.html
via Le Monde
Conclusion
Plus que jamais, les décisions politiques ont été appuyées par des comités scientifiques. Ne serait-il pas indispensable, dans un proche avenir, que nos dirigeants soient des scientifiques comme Angela Merkel en Allemagne, afin de mieux comprendre les enjeux. L’intelligence artificielle, le nucléaire, les robots, les objets connectés, la santé, l’industrie, les réseaux… sont des objets complexes de réflexion…
Gardons espoir ! L’homme a des ressources inestimables au plus profond de lui. Arrêtons la course au profit immédiat, essayons d’être raisonnables. Faisons participer les hommes à leur destin. Éduquons-les. Partageons nos connaissances, nos meilleures pratiques et restons humbles. La difficulté est énorme. Passons ce cap car il y en aura d’autres…
ADELI a survécu et appris du confinement. Les conférences-débat sont devenues virtuelles ce qui permet aux provinciaux de participer. Finalement, ce confinement a eu des effets bien agréables.
Nos réunions de comité sont devenues virtuelles. Nous en avons fait plus que d’habitude. Cela a permis de prendre des nouvelles les uns et des autres, de papoter en attendant l’heure de démarrage de la réunion. Les réunions commencent à l’heure. Les outils bureautiques sont faciles à utiliser et connus de tous, ce qui facilite l’écriture.
L’enregistrement des conférences est rapidement mis à disposition, ce qui permet aux absents de s’informer.
Un groupe WhatsApp a commencé à vivre. Des blagues, des questionnements ont fusé…
Le confinement fut propice au travail. Les groupes de travail produisent des articles, des comptes-rendus…
Ce n’est pas fini ! Nous en aurons peut-être pour quelques années. Prenez soin de vous et de vos proches, respectez les gestes barrières et mettez un masque dans les lieux publics !
